Изборът между кафяви и бели яйца в магазина често се основава на схващането, че по-тъмните са по-здравословни или натурални. Истината обаче е далеч по-проста и се корени единствено в породите кокошки. Птици като Rhode Island Red и Black Australorp снасят кафяви яйца, докато породите Leghorn и Ancona са източник на познатите бели яйца. Според исторически данни в The Guardian, преди век белите яйца са били стандарт в Англия, а популярността на кафявите е нараснала едва в средата на 20-и век поради тяхната относителна рядкост по това време.
От хранителна гледна точка няма разлика между кафявите и белите яйца. Цветът на черупката не влияе на вкуса или качеството на продукта. Ключовите фактори за хранителния профил са храната на птицата и условията на живот. Проучванията показват, че свободно отглежданите кокошки снасят яйца с по-високо съдържание на нутриенти. Излагането на слънчева светлина е от решаващо значение, като такива птици произвеждат яйца с до 4 пъти повече витамин D в сравнение с тези, отглеждани в клетки.
Цветът на черупката се определя в последния етап от формирането на яйцето в яйцепровода на птицата. Пигментът протопорфирин IX е отговорен за кафявите нюанси, докато сините и зелените цветове се дължат на биливердин. Ако по време на процеса не се отдели пигмент, яйцето остава бяло. Интензивността на цвета зависи изцяло от количеството на тези вещества, които се депозират върху калциевата обвивка преди снасянето.
Генетиката играе водеща роля в този процес, като учени са идентифицирали специфични гени в хромозома 20, които контролират оцветяването. Според изследване в списание Animal, тези признаци се предават по наследство по начин, подобен на физическите характеристики при хората. Въпреки визуалните разлики, експертите напомнят, че яйчният жълтък трябва да се консумира умерено заради съдържанието на холестерол, независимо от цвета на неговата опаковка.